O desenvolvimento dos projectos de I&D do grupo BIAL são realizados em estreita parceria com diversas instituições e centros de investigação, destacando-se a colaboração com:
- AIBILI - Associação de Investigação Biomédica
- Centro de Neurociências da Faculdade de Medicina de Lisboa
- CNC - Centro de Neurociências da Universidade de Coimbra
- Faculdade de Ciências da Universidade do Porto
- Escola Superior de Biotecnologia da Universidade Católica
- IBET - Instituto Biologia Experimental Tecnológica
- IBMC - Instituto de Biologia Molecular e Celular
- Instituto Ciências Biomédicas Abel Salazar
- Instituto de Investigação Ciências da Saúde da Universidade da Beira Interior
- Instituto Tecnológico e Nuclear
- Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra
- Faculdade de Farmácia da Universidade do Porto