El desarrollo de los proyectos de I+D del grupo BIAL se realiza en estrecha colaboración con distintas instituciones y centros de investigación, entre los que destacan:
- AIBILI - Associação de Investigação Biomédica
- Centro de Neurociencias de la Facultad de Medicina de Lisboa
- CNC - Centro de Neurociencias de la Universidad de Coimbra
- Facultad de Ciencias de la Universidad de Oporto
- Escuela Superior de Biotecnología de la Universidade Católica
- IBET - Instituto Biología Experimental Tecnológica
- IBMC - Instituto de Biología Molecular y Celular
- Instituto Ciencias Biomédicas Abel Salazar
- Instituto de Investigación Ciencias de la Salud de la Universidad de Beira Interior
- Instituto Tecnológico y Nuclear
- Facultad de Farmacia de la Universidad de Coimbra
- Facultad de Farmacia de la Universidad de Oporto